Kristalloqrafiya, mineralogiya və geokimya kafedrası 1974-cü ildə Faydalı qazıntılar kafedrasının bazası əsasında yaradılmışdır. Kafedraya 1974-1978-ci illərdə prof.Sübhi Əli oğlu Bektaşi, 1978-1982-ci illərdə prof.Vasif İsmayıl oğlu Əliyev rəhbərlik etmişdir. 1984-cü ildə Universitetdə ümumi profilli kafedraların genişləndirilməsi zamanı qurum yenidən Faydalı qazıntılar kafedrasına birləşdirilmiş, 1992-ci ildən isə müstəqil fəaliyyətini təkrarən bərpa etmişdir. 1992-2006-cı illərdə kafedraya prof. Ədhəm İsmayıl oğlu Mahmudov, 2006-2022 illərdə prof.Məmməd İsa oğlu Çıraqov rəhbərlik etmişdir. 2022-ci ildən kafedraya dos. Kərim Qənbər oğlu Rəhimov rəhbərlik edir.
Hazırda kafedrada Afət Fəxrəddin qızı Şirinova (dosent), Aygün Qalib qızı Məmmədova (baş müəllim), Ülviyyə Ağa Həsən qızı Yüzbaşova (böyük laborant) çalışırlar.
Kafedrada “Azərbaycanın filiz və qeyri-filiz yataq və təzahürlərinin kristallokimyası, mineralogiyası və geokimyası” istiqamətində, “Seolitlərin quruluşu, mineralogiyası, seolitlərdə mikroelementlərin paylanması, müxtəlif geoloji proseslərdə seolit əmələgəlmələrinin və çevrilmələrinin kristallokimyası” mövzusunda elmi tədqiqat işləri aparılır. Elmi-tədqiqat işlərinin yerinə yetirilməsində kafedranın professor-müəllim heyəti ilə yanaşı kafedranın doktorantları, dissertantları və magistrantları iştirak edir.
2011-2013-ci illərdə kafedra Azərbaycan Respublikası Prezidenti yanında Elmin İnkişaf Fondunun “Azərbaycanda tarixi və mədinniyyət abidələrinin tikinti və bağlayıcı materiallarının tərkibinin və yaşının elmlərarası innovasiyalarla öyrənilməsi” elmi-tədqiqat layihəsi ilə (EİF-2011-1(3)) qrant müsabiqəsinin qalibi olmuşdur.
Hal-hazırda kafedranın əməkdaşları Türkiyə, Rusiya və digər xarici ölkələrin ali məktəbləri və qabaqcıl elmi müəssisələrilə elmi əlaqələri inkişaf etdirir.
Kafedrada əməkdaşları tərəfindən “Kristallokimya” (1997), “Yer qabığının ümumi kimyası” (2002), “Kristalloqrafiya və kristallokimya” (2008), “Eksperimental mineralogiya, geokimya və petrologiya” (2010) dərslikləri, “Proseslərin geokimyası” (2011), “Minerallarda izomorfizm” (2012), “Mineralogiya” (2018), “İzomorfizm, polimorfizm, polisomatizm” (2020) dərs vəsaitləri, “Kalsium və nadir torpaq elementləri saxlayan silikatların müqayisəli kristallokimyası” monoqrafiyası (2002), “Azərbaycan mineralları” ensiklopediyası (azərbaycan, rus və ingilis dillərində) (2008) nəşr olunmuşdur. Son 10 ildə kafedra əməkdaşlarının müxtəlif respublika və beynəlxalq jurnallarda 150-dən artıq məqalə və tezisləri çap olunmuşdur.
Hazırda kafedrada elmlər-doktoru proqramı üzrə 2 əməkdaş, magistratura təhsil səviyyəsi üzrə 7 magistrant elmi-pedaqoji fəaliyyəti ilə məşğul olurlar.